De geschiedenis van Reiki begint aan het einde van de 19de eeuw in Japan.
Dr. Mikao Usui was het hoofd van een school in Kyoto, toen hem de vragen van zijn scholieren ertoe aanzetten zijn functie neer te leggen om uit te vinden op welke manier Jezus in staat was mensen te genezen.
Hij studeerde aan de universiteit van Chicago, waar hij ook afstudeerde in de vergelijkende religiewetenschappen. Zijn wetenshonger was echter nogniet gestild en hij keerde terug naar Japan en bestudeerde Japanse vertalingen van Buddhistische scripties. Hij leerde Chinees en Sanskriet om de Sutra´s te kunnen lezen.
In de Buddhistische geschriften vond hij eindelijk waarnaar hij de hele tijd had gezocht± formules, symbolen en de beschrijving hoe Buddha genezen heeft.
Helaas was zijn vreugde maar van korte duur, want, hoewel hij de kennis had herontdekt, had hij niet de kracht zelf te genezen.
Hij beklom de heilige berg Kuriyama, om daar een 21-dagige vastenmeditatie te voltrekken. Hij vond een plek in de buurt van een beek, zodat hij altijd voldoende te drinken had. En aangezien hij geen klok bezat legde hij 21 steentjes neer en wierp ieder dag bij zonsopgang een steen weg.
Drie weken lang mediteerde en bad hij, las sutra's en de bijbel en zong Mantra's.
Aan het begin van de 21ste dag zag hij een ongeloofelijk stralend licht. Toen het licht met hoge snelheid op hem afkwam, besloot Dr. Usui zijn hele moed bij elkaar te pakken en het licht te ontvangen, eender wat er zou gebeuren.